Tres años después que los Niños Elegidos derrotaran a Apocalymon, un desconocido enemigo que se hace llamar Digimon Kaizer, irrumpe en el Digimundo. Su propósito es reclutar un ejército mediante sus Anillos Negros para invadirlo de Oscuridad.

Desconcertados sobre la verdadera identidad del enemigo y su misterioso poder, los antiguos Elegidos son relevados por unos nuevos aliados que heredaran sus poderes y se encargaran de derrotar nuevamente el Mal...